Progimnazijoje veikia šios komisijos, darbo grupės:
- Edukacinių erdvių atnaujinimo kūrybinė grupė
- Darbo grupė Progimnazijos interneto svetainei administruoti ir informacijai skelbti
- Inventorizacijos komisija
- Krizių valdymo mokykloje komanda
- Mokinių priėmimo komisija
- Mokinių, atvykusių iš užsienio, mokymosi pasiekimų atitikties įvertinimo komisija
- Mokyklos veiklos kokybės įsivertinimo darbo grupė
- Mokytojų ir pagalbos mokiniui specialistų (išskyrus psichologus) atestacijos komisija
- Paramos ir labdaros komisija
- Ugdymo karjerai veiklos darbo grupė
- Vaiko gerovės komisija
- Viešųjų pirkimų komisija